Program Studi Muamalah berdiri pada tahun 1999 berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam No: E/154/1999. Sesuai dengan PMA 36 Tahun 2016, Lulusan Program Studi Muamalah mendapatkan gelar akademik S.H. (Sarjana Hukum). Program Studi Muamalah telah terakreditasi BAN-PT Dengan Peringkat Nilai B Berdasarkan SK Nomor: 972/SK/BAN-PT/AKRED/ S/IX/2015, yang berlaku sejak tahun 2015 hingga 03 September 2020.
Lulusan Program Studi Muamalah diproyeksikan sebagai praktisi hukum islam atau calon hakim agama yang berkepribadian baik, berpengetahuan luas dan mutakhir, serta mampu melaksanakan tugas umum sebgai praktisi hukum islam atau calon hakim agama dan tugas khusus sebagai praktisi hukum ekonomi syari’ah sesuai dengan kode etik keilmuan dan keahlian. Selain itu, juga menjadi contract drafter dan pengawas lembaga keuangan syari’ah (DPS) yang berkepribadian baik, berpengetahuan luas dan mutakhir, serta mampu melaksanakan tugas umum sesuai dengan kode etik keilmuan dan keahlian.
Pada Tahun 2017 terbit Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 7170 Tahun 2017 tentang Penyesuaian Nomenklatur Program Studi pada Institut Agama Islam Negeri Ponorogo. Pada Surat Keputusan ini Jurusan Mu’amalah menjadi Hukum Ekonomi Syariah (Mu’amalah). Dalam perkembangannya Jurusan Muamalah berubah menjadi Hukum Keluarga Syariah (HES). Pada Tahun 2018, perubahan nomenklatur ini ditindaklanjuti dengan Surat Permohonan Rektor IAIN Ponorogo kepada Pokja PD Dikti Kementerian Agama tentang Penyesuaian Nomenklatur Program Studi pada Pangkalan Data Perguruan Tinggi (PD DIKTI).
Sementara itu yakni Program Studi Hukum Ekonomi Syariah (HES) diusulkan perpanjangan status akreditasinya. Keputusan BAN-PT Nomor 5272/SK/BAN-PT/Ak- PPJ/S/IX/2020 menetapkan Program Studi HES Fakultas Syariah IAIN Ponorogo dengan peringkat B dengan nilai 359.